Los escombros del hospital San Rafael de Agua de Dios, que hacía parte del lazareto del municipio para aislar y curar a los enfermos de lepra, cuentan las historias de los muertos y los pocos vivos que salieron de allí, después de ser confinados en aquel lugar por orden del estado con el fin de prevenir el contagio de la enfermedad que a finales del siglo XIX atemorizó al país entero.
El hospital San Rafael fue construido con bareque, ladrillo, madera y techos de paja, y contaba con la disposición para atender casi 100 enfermos. Todo aquel que sufría de lepra era obligado a confinarse en Agua de Dios y a ser tratado en este lugar. Agua de Dios no es un pueblo ni un municipio, era el campo de concentración para leprosos, donde entraban, muchas veces obligados y no volvían a salir.
En el hospital según, lo cuenta la historia, hacían experimentos médicos con adultos y con niños infectados del mal y también con personas sanas a quienes les inyectaban el virus para ver sus comportamientos. Allí murieron cientos de leprosos, quienes después de ingresar a Agua de Dios perdían todos sus derechos sociales y políticos. Era como si dejaran de existir para la sociedad.
El padecimiento de la exclusión social de los leprosos fue acabándose por los años 1960, cuando una ley ordenó tumbar las rejas que rodeaban las edificaciones que formaban el lazareto y el pueblo de Agua de Dios, donde la calidez de las aguas termales aliviaban el dolor de los enfermos, empezaba a fundarse, con los sobrevivientes de la lepra, que fueron rechazados en los demás pueblos, cuando el gobierno ordenó devolverles sus derechos.
En 1961 se fundó el pueblo que luego se convirtió en un municipio que en sus comienzos daba miedo visitar porque todos le tenían miedo a la lepra, una enfermedad que ni siquiera era respetada y considerada por la Biblia. Por esa época también empezaría la decadencia de las edificaciones que formaron el lazareto.
