Por iniciativa de la Fiscalía de la Unidad de Justicia Transicional y a petición de la Sala de Justicia y Paz del Tribunal Superior de Bogotá, el 11 de agosto de 2014, el magistrado ponente Rubén Darío Pinilla Cogollo, el mismo que le pidió a la Comisión de Acusaciones de la Cámara que investigara a Álvaro Uribe por presuntos vínculos con paramilitares, ordenó la remisión de los últimos procesos de los postulados de las Autodefensas de Puerto Boyacá que tenía a cargo en el Tribunal Superior de Medellín.
A raíz de esto, esta Sala no quedó con ningún expediente de los 23 radicados de las Autodefensas de Puerto Boyacá y fue cancelada la fijación de la audiencia de control de legalidad de cargos que se tenía para el próximo 4 de septiembre de 2014.
