El general Harold Bedoya es el único militar, después del golpe de Gustavo Rojas Pinilla en 1953, que ha intentado insubordinarse a un presidente. Por estar en desacuerdo con el presidente Samper por una posible desmilitarización de la Uribe para retomar un intento de diálogo con las Farc de Manuel Marulanda Vélez, fue dado de baja. El presidente Samper conoció un memorando interno entre las Fuerzas Militares en donde el Comandante General de las F.F.M deliberaba. El 25 de julio de 1997 fue destituido y en su reemplazo entró el general Manuel José Bonnet a quien le tocó enfrentar los más duros golpes militares que han dado las Farc.
Desde su retiro mantuvo beligerancia en su oposición a cualquier tipo de negociación con la guerrilla y desde Acore mantuvo un liderazgo entre los militares.
