En la historia política colombiana existen dos casos emblemáticos en el control del poder entre liberales y conservadores: Tomás Cipriano de Mosquera y Rafael Núñez.
Tomás Cipriano de Mosquera Figueroa fue un político y militar caucano, miembro de una de las familias de esclavistas, terratenientes y comerciantes más ricas e influyentes del país en el siglo XIX. El único colombiano que ha sido cuatro veces presidente: de 1845 a 1849; de 1861 a 1863; de 1862 a 1864 y de 1866 a 1867. Su hermano mayor, Joaquín Mosquera Arboleda, también fue presidente en más de una ocasión: del 13 de junio de 1830 al 4 de septiembre de 1830 y del 2 de mayo de 1831 al 23 de noviembre de 1831 y su hermano menor, Manuel José Mosquera, fue Arzobispo Primado de Bogotá de 1835 a 1853.
Mosquera fue uno de los caudillos políticos y militares más influyentes, a la vez uno de los más reformistas y más progresistas y temido en la segunda mitad del siglo XIX. Siendo un líder del partido conservador por las rivalidades dentro del mismo se convirtió en liberal y en la guerra de las soberanías de 1860 a 1862, derrotó al gobierno conservador de Mariano Ospina Rodríguez, decretó el proceso de desamortización de los bienes de manos muertas y dispuso que todas las propiedades de la Iglesia Católicas pasaron a ser propiedad del Estado.
Los enfrentamientos con la Iglesia Católica tuvieron como antecedentes en su primer gobierno y el de gobierno liberal de José Hilario López (1849-1853), quién durante su mandato oficializó la separación de la Iglesia y el Estado, sancionó la ley de patronato que generó fuentes conflictos con la Iglesia y expulsó a los Jesuitas del país.
En el segundo y tercer gobierno de Mosquera, estuvo marcado por una profunda ruptura política con la Iglesia Católica, dado que volvió a expulsar a los Jesuitas, confiscó los bienes eclesiásticos como fincas, tierras, conventos, monasterios y decreto la libertad de culto dejando iglesias y capillas abiertas.
En criterio del historiador Roberto Luis Jaramillo, uno de los grandes problemas que se presentó el proceso de desamortización fue el ocultamiento de bienes eclesiásticos por una política sistemática de testaferrato que desarrollo la Iglesia. Inclusive “el gobierno ofreció recompensas a los que denunciaran la existencia de los bienes ocultos de la Iglesia”. En Antioquia por su tradición clerical fue el Estado donde la Iglesia logró ocultar más bienes.
La historia política de Rafael Núñez Moledo, expresidente cartagenero, gobernó tres veces de 1880 a 1882, de 1884 a1886 y de 1886 a 1888 fue contraria a la de Mosquera. Núñez siendo liberal se pasó a las toldas del partido conservador y en 1878 fue elegido Senador por esa colectividad y luego presidente del Senado.
En aquella legislatura como presidente del Senado juramentó al presidente Julián Trujillo, en su discurso, dijo "hemos llegado a un punto en que estamos confrontando este preciso dilema: regeneración administrativa o catástrofe" Discurso que marco el nacimiento del movimiento político de la Regeneración, cuyo eslogan fue "una nación, un pueblo, un Dios". La Regeneración fue un movimiento político heterogéneo de conservadores, liberales y la Iglesia Católica que acabó con el sistema federalista de la Constitución de 1863, promulgando la Constitución de 1886, convirtiendo a Colombia en una república centralista, unitaria y sometida a la religión Católica.
Se restablecieron las relaciones entre la Iglesia Católica y el Estado con el Concordato de 1887, donde el aspecto más importante en el restablecimiento del Concordato fueron las indemnizaciones a perpetuidad sin disminuciones de intereses que pactaron el gobierno conservador y la Iglesia por las expropiaciones de sus bienes durante el régimen federalista y la entrega del control absoluto de la educación a la Iglesia.
Durante catorce años, Núñez logró un dominio político absoluto del país, así consolidó la alianza política entre los conservadores y la Iglesia Católica que sentaron las bases para que gobernaran durante 50 años de 1880 hasta 1930
