Muy recién llegado al ministerio de Defensa, Carlos Holmes Trujillo, inició auditorias a todos los departamentos adjuntos para ajustarlos en caso de irregularidades. Su más reciente movida fue el freno que le puso al director de la Justicia Penal Militar, Alejandro Ramírez, quien habría ordenado el traslado de 140 fiscales y jueces militares sin justificación, poniendo en riesgo varias indagaciones del tribunal. Trujillo tan solo le dejó algunas funciones administrativas a Ramírez y le inició investigación además por el mal estado en el que se encuentra el recién inaugurado Palacio de la Justicia Penal Militar.
En los tres meses que lleva Carlos Holmes Trujillo en el cargo ha hecho además nombramientos como el de Albertina del Carmen Guerra, hermana de la congresista María del Rosario Guerra, como directora de Planeación Estratégica y Finanzas Corporativas del Ministerio de Defensa. En medio de ese revolcón administrativo, la Corte Suprema de Justicia ordenó un allanamiento al Cantón de Comunicaciones del Ejército en Bogotá, donde se descubrió un posible caso de chuzadas ilegales realizadas desde ahí. Esto coincidió con la salida del general Nicacio Martínez de la comandancia del Ejército, que, según el ex alto mando, se dio por motivos personales.
